仓鼠的肠胃是很脆弱的，遇上天气反复无常，气温突升突降，就有可能导致仓鼠的肠胃失衡。这种时候，仓鼠拉出来的便便就不像平时黑色的有形状的小颗粒，而是棕色有点软，甚至完全没有形状。不过，只要仓鼠的屁股的毛还保持干燥，它就只是软便——最轻度的肠胃问题。但如果仓鼠尾巴后边的毛变得很湿很臭，那就得提高警惕，这可能是要命的肠炎。
让便便重新硬起来
如果仓鼠只是软便的话，可以用下面的方法尝试对仓鼠进行治疗。
治疗方案：立即停止喂食水果蔬菜，可以用苹果干或妈咪爱进行治疗。
苹果干是治疗软便的好东西，在网上可以轻松买到现成的苹果干，同时也可以自制。先将苹果削皮去心（一定要完全去掉苹果心，因为苹果种子里含有大量钾，对仓鼠的心脏会有很大的刺激），切薄片（越薄越好，可以有效缩短风干时间），然后放到锅里煮2分钟。
煮好以后，把苹果片一片一片地放到盘子里，放到微波炉里中高火（大约750W）2分钟，拿出来翻一面再烤2分钟。然后，把烤好的苹果片一片一片地分开放在一个淘米篮里风干（一定不要有重叠！），风干后的苹果干不会发粘，而是脆脆的，人也可以吃哦。每天给仓鼠吃苹果干的量不要太多，一只仓鼠一天至多吃相当于人半个小指甲盖的苹果干就差不多了，吃太多可能会导致便秘。
妈咪爱是用来治疗婴儿肠胃不适的药物，药性温和，也可以用来治疗仓鼠的软便。每次大约用挖耳勺一勺的妈咪爱兑到给仓鼠喝的水里摇匀，如果没有挖耳勺，或者嫌挖耳勺不够干净，也可以抖大约1/4包的妈咪爱粉末到仓鼠的水壶里摇匀到水微微有点发黄变色就可以。需要注意的是，冲了妈咪爱的水至少2天要换一次，否则糖分在水壶里发酵，可能给仓鼠本来已经脆弱的肠胃带来更大的伤害。
这样，过不了多久，仓鼠的便便就会重新变成有点儿硬的黑色的小颗粒，这也意味着仓鼠的肠胃恢复了正常。
预防方案：注意保温，提供熟苹果
天气变化时注意房间保温，季节交替时期可以每天给一小片熟苹果或者苹果干。给仓鼠吃的蔬菜要先洗干净，充分浸泡去除农药后，晒1-2天脱水再给它吃。
湿尾（局部肠炎）
肠炎是仓鼠的大敌。由于仓鼠体型很小，一旦肠炎没有得到及时诊治，很可能会由于脱水而导致死亡。肠炎之所以被叫做“湿尾”，是因为仓鼠腹泻后尾巴附近的毛会被弄得又湿又臭，粘成一缕一缕的而得名。对湿尾的诊断也非常简单：如果你看到饲养的仓鼠拉稀、掉毛、疯狂喝水、精神萎靡，捉起来看到它屁股附近的毛都湿成一缕一缕的（严重的甚至还会有脱毛），那就是湿尾了。
治疗方案：停喂一切水果蔬菜，庆大霉素（针剂）兑水口服，灌葡萄糖水补液，马卡止泻剂。
可以根据自己的情况选择在80mL的仓鼠水瓶里用注射器加入4-5滴庆大霉素针剂，或者直接混合4滴庆大霉素针剂和稍多一点的葡萄糖水用注射器（去掉针头）灌给仓鼠喝。如果选择直接灌的话，一定要小心地把注射器尽可能塞到仓鼠的喉咙口，否则很可能全都灌到颊囊里去了。 用药3天后要停药观察仓鼠的情况，如果粪便恢复正常的黑色颗粒状就可以停药，因为抗生素本身对仓鼠的身体也会造成一定损伤。喂药期间要每天都清理仓鼠的笼舍，绿色腥臭软便要立即捡出来丢掉，不要让仓鼠吃下去。另外可以配合马卡止泻剂为仓鼠止泻，不过马卡止泻剂只能帮助暂时止泻，腹泻严重时还是要先用庆大。
预防方案：喂仓鼠干净的凉开水（绝对不要喂它喝自来水，即使你自己会去喝），不过量喂食新鲜蔬果，不给仓鼠吃人类的零食或者饭菜点心，保持笼舍干净清洁。有仓鼠发生腹泻时，必须将其与其他健康仓鼠隔离。
对于国内的鼠爸鼠妈而言，带仓鼠去看医生是不太现实的，因为国内的宠物医生行业还不像外国那么发达，绝大部分的宠物医院都只会治疗猫狗这种普及度很高的宠物，对于仓鼠则所知甚少。更糟糕的是，猫狗身上的寄生虫、致病微生物乃至于皮屑都有可能对仓鼠的健康造成更大的威胁。因此，对于国内饲养仓鼠的朋友们而言，只好祭起“自己动手，丰衣足食”的大旗了。
